En 1999,
Le Musée de la mer remporte son premier prix, décerné par l’Association touristique du Bas-Saint-Laurent, dans la catégorie « promotion ». L’année suivante, le Musée remporte successivement :
Le prix Gérard-Roussel de la Fédération des caisses populaires Desjardins du Bas- Saint-Laurent;

Le Prix Attraction touristique, catégorie moins de 100 000 visiteurs, décerné par l’ATR du Bas-Saint-Laurent ;

La médaille d’or des Grands Prix du Tourisme québécois dans la catégorie «Attraction touristique de l’année au Québec, dans la catégorie des sites de moins de 100 000 visiteurs».

Le lauréat or provincial dans la catégorie «site intérieur, budget d’opération de moins de 400 000 $» dans le cadre du concours Attractions Canada 2001. En 2004,
Le Prix Attraction touristique, catégorie moins de 50 000 visiteurs, décerné par l’ATR du Bas-Saint-Laurent.

La médaille de bronze des Grands Prix du Tourisme québécois dans la catégorie « Attraction touristique de l’année au Québec, dans la catégorie des sites de moins de 50 000 visiteurs ».

En 2005
Le Prix Attraction touristique, catégorie moins de 50 000 visiteurs, décerné par l’ATR du Bas-Saint-Laurent.

2009
Chambre de commerce de Rimouski, Projet Novateur.

2010
Grands Prix du Tourisme Québécois, Lauréat Or, attraction touristique.

2012
Tourisme Bas-Saint-Laurent, Attraction touristique.

2012
Chambre de commerce de Rimouski, Entreprise de Tourisme.

2013
Société des attractions touristiques du Québec, Prix Coup d’éclat, Projet de développement touristique.

2013
Société des musées du Québec, prix Audiovisuel et multimédia Télé-Québec.

2015
Chambre de commerce de Rimouski, Entreprise de Tourisme.

2018
Finaliste au Prix Excellence Tourisme 2018 - Meilleure initiative en développement et innovation pour « Folie sur l’épave », le spectacle de marionnettes géantes.